Basé à Paris, il est composé d’une équipe professionnelle, dirigée par une directrice générale et une directrice exécutive qui siègent avec voix consultative au Bureau international et au Bureau exécutif. Ses équipes sont organisées par régions, par priorités d’action et en délégations. Le Secrétariat international a ainsi des bureaux de représentation auprès de l’ONU à Genève et à New York, auprès de l’Union Européenne à Bruxelles, auprès de la Cour Pénale Internationale à La Haye, un bureau régional à Tunis et des bureaux conjoints avec des organisations membres à Conakry, Abidjan, Bamako et Bangui. Il compte également un département communication et relations publiques, ainsi qu’un département administratif et financier.
En relation permanente avec le terrain, il met en œuvre les décisions des organes politiques de la FIDH en lien avec les organisations membres, les chargé·es de mission et les membres des Bureaux international et exécutif.
