Debido a su compromiso a favor de los derechos humanos y de las libertades fundamentales, los defensores y defensoras de derechos humanos son objeto de acciones represivas por parte de los Estados o de grupos privados o paraestatales: leyes y prácticas restrictivas en materia de libertad de asociación, de expresión, de reunión y de asociación pacífica, campañas de difamación, malos tratos, amenazas de muerte, detención y encarcelamiento arbitrarios, desapariciones forzadas, torturas y asesinatos.
La FIDH fue pionera en la protección de los derechos humanos al crear, en 1997, un programa único dedicado a esta cuestión: el Observatorio para la Protección de los Defensores de Derechos Humanos, en asociación con la Organización Mundial contra la Tortura (OMCT). A través del Observatorio, la FIDH tiene por vocación actuar a favor de toda persona que se vea expuesta a represalias debido a su labor de defensa de los derechos humanos, con independencia de sus atribuciones, título o función. Trabajadores y activistas asociativos, abogados, periodistas, sindicalistas, líderes rurales y comunitarios o meros ciudadanos, el objetivo de la FIDH es garantizar que sus voces se oigan y terminar con su aislamiento y marginación.
El Observatorio ha desarrollado varios modos de acción para dar respuesta a las necesidades y particularidades de cada situación: publicación y difusión de alertas urgentes en seis idiomas, fondos de emergencia (apoyo médico, psicológico, jurídico o para reubicación), fondos para el desarrollo de capacidades, visitas a la cárcel, observaciones judiciales y defensa, misiones de promoción política nacional e internacional, misiones de investigación, campañas públicas en las redes sociales e internet, labores de promoción política de urgencia ante actores de cambio, activación de recursos judiciales o cuasijudiciales, análisis de tendencias de represión (informe anual), refuerzo del sistema intergubernamental de protección de los defensores y defensoras (procesos "inter-mecanismos", promoción política), etc.