كان لديه إيمانًا عميقًا بتحقيق العدالة والكرامة الإنسانية في بلاده، فتطوع المحامي الحقوقي محمد الباقر للدفاع عن المدنيين أمام المحاكم العسكرية، وانضم إلى جماعة "لا للمحاكمات العسكرية للمدنيين ’’، وتطوع مع جبهة الدفاع عن متظاهري مصر عقب ثورة 25 يناير 2011. أسس مركز عدالة للحقوق والحريات في عام 2014 لمكافحة التعذيب والدفاع عن حقوق المعتقلين وكذلك حقوق الطلاب والمهاجرين واللاجئين.
ومع ذلك، قوبل إيمانه بحقوق الإنسان بالقمع والملاحقات القضائية من السلطات، شأنه في ذلك شأن العديد من المدافعين عن حقوق الإنسان في مصر. بتاريخ 29 سبتمبر/أيلول 2019، كان الأستاذ الباقر يؤدي مهامه كمحامي حقوقي بمقر نيابة أمن الدولة بالقاهرة ممثلاً المدون والناشط علاء عبد الفتاح - الذي اعتقل تعسفًا في وقت سابق من ذلك اليوم - وحينها تم اعتقاله هو نفسه. اتهم الأستاذ الباقر وموكله بموجب القضية رقم 1356 لسنة 2019 وصدر أمر بحبسهما الاحتياطي لمدة 15 يومًا بتهم غامضة لا أساس لها من الصحة يتم استخدامها على نطاق واسع لتجريم جميع الأصوات المعارضة في مصر: "الانتماء إلى جماعة إرهابية"، "تمويل جماعة إرهابية"، "نشر أخبار كاذبة من شأنها زعزعة الأمن القومي" "واستخدام مواقع التواصل الاجتماعي لارتكاب جرائم نشر". ومنذ ذلك الحين، احتُجز كلا من محمد الباقر وعلاء عبد الفتاح في سجن طره شديد الحراسة 2، والمعروف بسبب شدة سوء ظروف الاحتجاز فيه.
بتاريخ 31 أغسطس/آب 2020، تم إبلاغ الأستاذ الباقر بتهم جديدة ضده على ذمة القضية رقم 855 لسنة 2020، والتي تشمل اتهامات مفبركة "بالانضمام إلى جماعة إرهابية" "والاشتراك في اتفاق جنائي بغرض ارتكاب جريمة من جرائم الإرهاب من داخل السجن". بعد ثلاثة أشهر، في نوفمبر/تشرين الثاني 2020، تم إضافة محمد الباقر مع 27 ناشطًا آخر، بمن فيهم علاء عبد الفتاح، إلى "قائمة الإرهاب" في مصر لمدة خمس سنوات على ذمة القضية 1781 لسنة 2019 أمن دولة. يتضمن هذا الحكم قيودًا مثل حظر السفر وتجميد الأموال لمدة ثلاث سنوات.
حُرم الأستاذ الباقر أثناء احتجازه من الطعام اللائق والمياه النظيفة والتريض والتهوية المناسبة. علاوة على ذلك، منذ تعليق زيارات السجن في مارس/آذار 2020 بسبب جائحة كورونا (كوفيد-19)، حُرم من الاتصال بمحاميه. في أغسطس/آب 2020، أعلنت وزارة الداخلية عن السماح بالزيارات مرة أخرى. ومع ذلك، لا يمكن لأسرة الأستاذ الباقر زيارته إلا مرة واحدة في الشهر لمدة 20 دقيقة تحت إشراف أمني صارم.
إن التجديد الممنهج والتعسفي للحبس الاحتياطي لمحمد الباقر هو جزء من قمع واضح لحقوق الإنسان باتت مصر تعاني منه في السنوات الأخيرة. لجأت السلطات بشكل متزايد إلى أساليب قمعية، مثل الحبس الاحتياطي المطول، والاختفاء القسري والتعذيب والمضايقات القضائية لإسكات جميع الأصوات الناقدة، بما في ذلك استخدام تحقيقات لا أساس لها بتهم متعلقة بالإرهاب والأمن القومي.
حثّ المقرر الخاص للأمم المتحدة المعني بحالة المدافعين عن حقوق الإنسان في بيان عام صدر في يناير/كانون الثاني 2021 على الإفراج الفوري عن جميع المدافعين عن حقوق الإنسان ودعا إلى وضع حد لإساءة استخدام قوانين مكافحة الإرهاب والأمن القومي والحبس الاحتياطي المطول لتجريم عمل العناصر الفاعلة في المجتمع المدني في مصر. كما أصدر البرلمان الأوروبي قرارين عاجلين بشأن وضع المدافعين عن حقوق الإنسان في مصر، بمن فيهم محمد الباقر، في أكتوبر/تشرين الأول 2019 وديسمبر/كانون الأول 2020.
نظرًا لظروف الاحتجاز السيئة في مراكز الاحتجاز بالبلاد، وارتفاع مخاطر الإصابة بكوفيد-19، والحرمان غير المقبول تمامًا من حريته، يكرر المرصد ندائه للسلطات المصرية للإفراج فورًا ودون شرط عن محمد الباقر وكذلك عن جميع المدافعين الآخرين عن حقوق الإنسان المحتجزين تعسفًا في مصر، بمن فيهم علاء عبد الفتاح. كما يحثّ المرصد السلطات على وضع حد فوري للاستخدام التعسفي لتهم مكافحة الإرهاب ضد المدافعين عن حقوق الإنسان في البلاد.
تم إنشاء مرصد حماية المدافعين عن حقوق الإنسان (المرصد) في عام 1997 من قبل المنظمة العالمية لمناهضة التعذيب والفدرالية الدولية لحقوق الإنسان.ويهدف هذا البرنامج إلى العمل على تجنب أو معالجة حالات قمع محددة تطال المدافعين عن حقوق الإنسان. إن المنظمة العالمية لمناهضة التعذيب والفدرالية الدولية لحقوق الإنسان كلاهما عضوان في ProtectDefenders.eu، وهي آلية لحماية المدافعين عن حقوق الإنسان تابعة للاتحاد الأوروبي تقودها منظمات المجتمع المدني الدولي.