Con esta decisión la Corte confirma la existencia de vínculos entre las Fuerzas Armadas colombianas y los grupos paramilitares, tal y como ha sido denunciado permanentemente por las ONG de Derechos Humanos colombianas e internacionales.
La Corte accedió a la solicitud hecha por la FIDH mediante un amicus curiae en el que se pedía a la Corte tomar en cuenta la aprobación de la ley 975, llamada "Ley de Justicia y Paz", ya que dicha ley impide lograr la verdad, la justicia y la reparación de las víctimas en el presente caso, pues no se les garantiza la posibilidad de participar plenamente en el proceso penal ni de recibir una reparación integral. De esta forma se solicitó a la Corte que se "examine el marco normativo de la desmovilización de paramilitares en su totalidad, ordenando la adecuación de la legislación interna y el programa de desmovilización a los estándares internacionales relacionados con los derechos de las víctimas".
La Corte retoma la posición de la Comisión, y recuerda que ésta "consideró que las disposiciones de la Ley de Justicia y Paz no establecen incentivos para que los desmovilizados confiesen en forma exhaustiva la verdad sobre su responsabilidad, a cambio de los beneficios judiciales que recibirán; que esta masacre involucró múltiples perpetradores, vinculados a bloques paramilitares que se han plegado al proceso de desmovilización y, por tanto, se harán beneficiarios de la aplicación de la Ley de "Justicia y Paz", así como agentes del Estado cuya colaboración por acción u omisión aún debe ser determinada; y que el Estado tiene la obligación de remover todos los obstáculos fácticos y jurídicos que puedan dificultar el esclarecimiento judicial exhaustivo de las violaciones a la Convención Americana perpetradas en este caso, el juzgamiento de los responsables y la debida reparación de las víctimas".
Igualmente la Corte reitera su jurisprudencia en la que se afirma que "ninguna ley ni disposición de derecho interno puede impedir a un Estado cumplir con la obligación de investigar y sancionar a los responsables de violaciones de derechos humanos". De esta forma, se reafirma la obligación del Estado de investigar adecuadamente y sancionar a los responsables de la masacre de Mapiripán que no podrán beneficiarse de la Ley de Justicia y Paz.
La FIDH urge el Estado colombiano a implementar lo antes posible el fallo de la Corte.