La FIDH joue un rôle clé dans le développement du système intergouvernemental des défenseurs. Elle a notamment contribué aux négociations qui ont conduit à l’adoption de la Déclaration de l’ONU sur les défenseurs des droits de l’Homme en 1998. Depuis l’adoption de cette déclaration, plusieurs mécanismes de protection des défenseurs ont été créés au sein des différentes organisations intergouvernementales existantes : le Rapporteur spécial sur la situation des défenseurs des droits de l’Homme au sein du Conseil des droits de l’Homme des Nations unies, la Rapporteure spéciale sur les défenseurs des droits de l’Homme en Afrique sein de la Commission africaine des droits de l’Homme et des peuples (CADHP) ; le Rapporteur sur la situation des défenseurs des droits de l’Homme au sein de la Commission interaméricaine des droits de l’Homme (CIDH), le Commissaire aux droits de l’Homme au sein du Conseil de l’Europe, la Rapporteur de l’Assemblée parlementaire du Conseil de l’Europe sur la situation des défenseurs, le Point focal pour les défenseurs des droits humains et les institutions nationales des droits de l’Homme du Bureau des institutions démocratiques et des droits de l’Homme (BIDDH) au sein de l’Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe (OSCE), et divers leviers politiques au sein de l’Union européenne (Orientations de l’UE concernant les défenseurs des droits de l’Homme, Instrument européen pour la démocratie et les droits de l’Homme, etc.), ainsi que l’Organisation internationale de la Francophonie (OIF), sur la base de la Déclaration de Bamako.
En 2008, au travers de l’Observatoire, la FIDH a lancé la première réunion réunissant toutes les organisations intergouvernementales dotées d’outils et de mécanismes dédiés à la protection des défenseurs des droits humains (processus "intermécanismes"). Ce processus vise à renforcer la coordination et l’efficacité des mécanismes de protection.