Composée de 17 personnes connues pour leur engagement en faveur des droits de l’Homme, dont plus de la moitié étaient elles mêmes d’anciennes victimes, l’IER a succédé à une autre commission, L’Instance d’arbitrage indépendante, mise en place en 1999 et qui avait pour unique mandat d’indemniser les victimes de la répression politique. En trois ans, cette commission avait effectivement procédé à l’indemnisation de plus de 4000 victimes sans parvenir à clore le débat public au Maroc sur le dossier des graves violations du passé, débat, relancé en permanence par la mobilisation des familles des victimes et les militants des droits de l’Homme qui continuaient à revendiquer vérité et justice.
C’est donc avec un mandat plus large que l’IER a entamé ses travaux, procédant dans un premier temps à l’élaboration de ses statuts (publiés par décret royal, leur conférant ainsi un statut institutionnel éminent) et ouvrant un nouveau délai aux victimes et/ou à leurs ayants droit afin de déposer leurs requêtes. Dans le même temps, elle procédait à de larges consultations avec le réseau international des commissions vérité grâce à un accord de partenariat établi avec le Centre international de justice transitionnelle (ictj.org). Organisés en trois groupes permanents de travail (investigations, études et recherches, réparation), les membres de l’IER se sont aussi dotés, chaque fois que nécessaire de commissions ad hoc (auditions publiques, rapport final, ...) et étaient secondés dans leur action par un secrétariat qui a compté jusqu’à 350 personnes.