Después de la masacre, en la que resultaron asesinados el líder de dicha comunidad Luis Eduardo Guerra, 3 menores de edad de 17, 11 y 2 años de edad y otros 4 adultos, la misma comunidad de Paz y organizaciones de defensa de los derechos humanos denunciaron la autoría de la masacre por parte del Ejército. Sin embargo, el Ejército colombiano informó que la masacre había sido obra de las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombianas (FARC) y en declaraciones por televisión el Presidente Álvaro Uribe, en lugar de condenar la masacre, aseguró que dicha Comunidad se encontraba infiltrada por la guerrilla.
La FIDH se complace en ver que, después de 2 años de inacción total, la justicia colombiana actúa frente a esta masacre que forma parte de una triste lista de atropellos, violaciones de derechos humanos y graves crímenes de lesa humanidad que ha sufrido desde su nacimiento en 1996 la Comunidad de Paz de San José de Apartadó. La FIDH exhorta a la Fiscalía General de la Nación a continuar sus investigaciones de manera independiente e imparcial a fin de esclarecer las responsabilidades individuales de quienes han dado los ordenes de cometer, han cometido, han facilitado la comisión de estos crímenes graves, quienes han encubierto los hechos y quienes mediante calumnias y estigmatizaciones han seguido poniendo en peligro la supervivencia de la Comunidad de Paz y sus miembros.
La FIDH y sus ligas recuerdan al Estado Colombiano que conforme a su obligación internacional de investigar y perseguir violaciones graves a los derechos humanos, debe proteger a todas las personas que participen en estos procesos, sean víctimas, testigos, abogados, fiscales, jueces y miembros de la comunidad de Paz contra eventuales represalias y llama al Presidente de Colombia, Alvaro Uribe a rectificar públicamente las sindicaciones que ha hecho contra la Comunidad de Paz y a cumplir con las medidas provisionales ordenadas por la Corte Interamericana de Derechos Humanos.