La FIDH ha desempeña un papel clave en el desarrollo del sistema intergubernamental de los defensores y defensoras. Ha contribuido especialmente a las negociaciones que condujeron a la aprobación de la Declaración de las Naciones Unidas sobre los defensores de los derechos humanos de 1998. Desde la adopción de esta declaración se han creado varios mecanismos de protección de los defensores de los derechos humanos en el seno de las diversas organizaciones intergubernamentales existentes: el Relator especial sobre la situación de los defensores de los derechos humanos del Consejo de los Derechos Humanos de Naciones Unidas, la Relatora especial de los defensores de los derechos humanos en África de la Comisión Africana de Derechos Humanos y de los Pueblos (CADHP), el Relator sobre la situación de los defensores de los derechos humanos de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), el Comisario de Derechos Humanos del Consejo de Europa, el Punto Focal sobre los defensores de derechos humanos y las instituciones nacionales de derechos humanos de la Oficina para las Instituciones Democráticas y los Derechos Humanos (OIDDH) en el seno de la Organización para la Seguridad y la Cooperación en Europa (OSCE), así como diversos instrumentos políticos en la Unión Europea (Orientaciones de la UE sobre los defensores de los derechos humanos, Instrumento Europeo para la Democracia y los Derechos Humanos, etc.), así como la Organización Internacional de la Francofonía (OIF), basada en la Declaración de Bamako.
En 2008, a través del Observatorio, la FIDH convocó la primera reunión que agrupó a todas las organizaciones intergubernamentales provistas de herramientas y mecanismos dedicados a la protección de los defensores de los derechos humanos (proceso "inter-mecanismos"). Este proceso tiene por objeto mejorar la coordinación y la eficacia de los mecanismos de protección.