Esta decisión contradice el artículo 8.1 de la Convención Interamericana de DDHH, así como la jurisprudencia de la Corte Interamericana de Derechos Humanos, de la que Perú ha reconocido la competencia en 2001. Del mismo modo, dicho fallo viola el artículo 14 del Pacto Internacional de Derechos Civiles y políticos. Estos convenios estipulan que toda violación a los derechos humanos debe ser juzgada por fuero común, aun cuando ha sido cometido por miembros de las fuerzas militares. La jurisprudencia universal e interamericana sobre este tema señala además que los tribunales militares no alcanzan los estándares de las garantías de independencia e imparcialidad requeridas por los instrumentos de defensa de los derechos humanos.
La FIDH reitera que el fuero militar, no constituye de ningún modo una garantía de justicia, sino todo lo contrario.
Del mismo modo, la FIDH teme que dicha decisión haya sido el producto de las intromisiones del Gobierno del Perú en dicha investigación, ya que tanto el ministro de la Defensa como el ministro del Interior realizaron manifestaciones públicas contra la decisión de la jueza Cecilia Pollack de ordenar la detención de 12 oficiales del ejército en mayo 2002 (ver comunicado de la FIDH con fecha de 27 de mayo de 2002 disponible en http://www.fidh.org/communiq/2002/pe2705e.htm). En este caso, la independencia del poder judicial se encontraría gravemente cuestionada en el Perú.
Además, la FIDH teme que dicho fallo pueda servir de precedente dificultando el juicio de otros casos de violaciones de derechos humanos en el Perú, que se considere también ocurrieron en "zonas de emergencia" como podría ser el caso de violaciones de derechos humanos ocurridas en Ayacucho o Apurímac. Estos hechos son tanto más preocupantes si se considera que durante los 20 años de violencia política en Perú se han registrado entre 25 y 30 mil muertes, más de 5000 desapariciones y más de 14 mil encarcelamientos de inocentes y que de todos estos casos, únicamente tres casos han sido transmitidos al Ministerio Público (uno de ellos precisamente el de Chavín de Huantar).
La no ratificación en su cargo de Victor Cubas Villanueva, fiscal superior que transmitió al Ministerio Público dos de estos tres casos que han prosperado, constituye igualmente un hecho que cuestiona el buen funcionamiento de la justicia.
La FIDH acoge con expectativa y satisfacción el anuncio de APRODEH de recurrir ante las instancias internacionales para recusar este fallo, iniciativa a la que se asocia y que por supuesto apoyará.