La FIDH apoya la decisión de APRODEH (Asociación pro derechos humanos de Perú) de formular dicho pedido de investigación ya que existen suficientes evidencias que probarían que se produjeron ejecuciones extrajudiciales una vez finalizado el operativo militar. En efecto, diversos testigos afirman haber visto en vivo a Eduardo Cruz, uno de los miembros del MRTA y haber escuchado disparos una vez finalizado el operativo. Los datos obtenidos a partir del informe de los forenses permiten igualmente considerar la hipótesis de la ejecución extra-judicial.
La FIDH acoge con preocupación las intromisiones del gobierno de Perú en dicha investigación. En efecto, diversas autoridades públicas entre las que se encuentra el ministro del interior Fernando Rospigliosi y el ministro de defensa, Aurelio Loret de Mola, han expresado su desacuerdo con la decisión de la jueza y en particular contra la orden de detención. Aurelio Loret de Mola ha incluso calificado la acción de la jueza de "barbarie judicial". La FIDH debe recordar en este contexto que las investigaciones han sido realizadas respetando el derecho de defensa de las partes y según todas las normas de un proceso justo.
Aun más preocupante es el pedido de amnistía para los militares que participaron en dicho operativo, presentado ante el Congreso por los congresistas José Barba Caballero y Rafael Rey, del partido de la Unidad Nacional. La declaración de dicha amnistía contribuiría a consagrar la impunidad en Perú. Del mismo modo, se trata de un acto que contraviene un gran número de instrumentos internacionales y regionales de respecto de derechos humanos de los que Perú forma parte, entre los que se encuentra el Pacto de San José. La aprobación de tal amnistía iría en contravía de pronunciamientos, que sobre el particular ya han sido vertidas por la Comisión y Corte Interamericana de Derechos Humanos, en relación entre otros casos, al de la Cantuta y el de Barrios Altos, señalando que no es admisible desde ningún punto de vista amnistiar a aquellos que han cometido crímenes contra la humanidad, crímenes de guerra o otras violaciones graves de DDHH, en particular ejecuciones extrajudiciales.
En forma de apoyo a las acciones de APRODEH, asociación miembro de la FIDH en Perú y de todas las organizaciones de derechos humanos peruanas que luchan contra la impunidad de aquellos que violan los derechos humanos, la FIDH insta a las autoridades de Perú a que eviten cualquier tipo de acción que pudiese poner en duda la independencia del poder judicial en Perú. Del mismo modo, se insta a las autoridades públicas de Perú y en particular a los congresistas peruanos a que expresen su rechazo unánime al pedido de amnistía presentado ante el Congreso.