La matanza de « La Cantuta » es uno de los crímenes por los cuales el Gobierno peruano solicitó en 2003 la extradición del ex-presidente Alberto Fujimori Fujimori al gobierno del Japón y posteriormente en enero de 2006 al gobierno de Chile. El caso había sido presentado a la Comisión Interamericana en 1992 por petición de la APRODEH, denunciado que los autores intelectuales de la matanza nunca fueron investigados y que los autores materiales, condenados en 1994, fueron liberados en 1995, después que fueron aprobadas las leyes de amnistía, las cuales conceden amnistía al personal militar, policial o civil involucrado en violaciones de los derechos humanos cometidas desde 1980 hasta el 14 de junio de 1995.
La Corte reconoció que "la planeación y ejecución de la detención y posteriores actos crueles, inhumanos y degradantes y ejecución extrajudicial o desaparición forzada de las víctimas, (...) no habrían podido perpetrarse sin el conocimiento y órdenes superiores de las más altas esferas del poder ejecutivo y de las fuerzas militares y de inteligencia de ese entonces, específicamente de las jefaturas de inteligencia y del mismo Presidente de la República" (Párr. 96). De esta forma la Corte declaró por unanimidad que el Estado peruano violó el derecho a la vida, a la integridad personal y libertad personal, y el derecho a las garantías judiciales y a la protección judicial, derechos consagrados en la Convención Americana sobre Derechos Humanos.
Igualmente la Corte consideró que el "Estado peruano incumplió su obligación de adoptar disposiciones de derecho interno a fin de adecuar la normativa interna a las disposiciones de la Convención Americana sobre Derechos Humanos, establecida en el artículo 2 de la misma, en relación con los artículos 4, 5, 7, 8.1, 25 y 1.1 del mismo tratado, durante el período en que las "leyes" de amnistía No. 26.479 de 14 de junio de 1995 y No. 26.492 de 28 de junio de 1995 fueron aplicadas en el presente caso".
De esta forma la Corte decide que el Estado debe hacer lo necesario para "llevar a término, en un plazo razonable, las investigaciones abiertas y los procesos penales incoados en la jurisdicción penal común, así como activar, en su caso, los que sean necesarios, para determinar las correspondientes responsabilidades penales de todos los autores de los hechos cometidos". La Corte consideró que la ausencia de Fujimori en el proceso, uno de los principales imputados, determinan en gran parte la impunidad, por esta razón la Corte considera que "el Estado debe continuar adoptando todas las medidas necesarias, de carácter judicial y diplomático, y proseguir impulsando las solicitudes de extradición que correspondan, bajo las normas internas o de derecho internacional pertinentes".
la Corte estima que el estado debe realizar una acto publico de reconocimiento de su responsabilidad por la desaparición forzada o ejecución extrajudicial. De la misma forma, exhorta al Estado peruano a buscar los restos mortales de las víctimas, representar a las víctimas en el monumento denominado "El Ojo que Llora" e indemnizar por daños materiales e inmateriales a los familiares de las víctimas. Así mismo, debe implementar programas de educación de derechos humanos para los miembros de los servicios de inteligencia, las Fuerzas Armadas, la Policía Nacional, fiscales y jueces.
La FIDH y la APRODEH consideran que esta decisión contribuye verdaderamente a la lucha por la verdad y la justicia en Perú, inscribiéndose en el marco de la lucha internacional contra la impunidad, añadiéndose a los esfuerzos para castigar a los responsables de graves violaciones de los derechos humanos.
La FIDH y la APRODEH urgen el Estado peruano a implementar lo antes posible y a cabalidad, el fallo de la Corte, recordándole que las sentencias de la Corte Interamericana de Derechos Humanos son de carácter obligatorio para los Estados miembros de la OEA.