Frente a la Comisión sobre prisión política y tortura la FIDH resalta su importancia legal, histórica y moral, sin embargo lamenta la ausencia de una política eficaz y contundente de comunicación y sensibilización dentro de las víctimas, al igual que la exclusión de las personas detenidas durante las manifestaciones algunas veces torturadas, y la falta de atención por parte del Estado Chileno de las recomendaciones del Comité Contra la Tortura de Naciones Unidas. La FIDH condena el artículo 15 de la ley 19,992 el cual establece un secreto de 50 años sobre los documentos, testimonios y antecedentes aportados por las víctimas ante la Comisión Nacional sobre Prisión Política y Tortura.
Este artículo constituye una obstrucción a la labor de los tribunales de justicia y a la divulgacion de la verdad sobre la práctica institucional de la tortura durante al dictadura. Es así una clara violación de las obligaciones internacionales del Estado de Chile de hacer justicia, verdad y reparación a las víctimas de estos crímenes.
Finalmente sobre la situación de los presos políticos la FIDH pudo constatar las irregularidades en los procesos, marcados por la violación del derecho al debido proceso, la aplicación de la tortura, la acumulación de condenas bajo el mismo delito y la aplicación inadecuada de las leyes especiales como la ley antiterrorista.