El 2 de enero de 2017, las autoridades burundesas hicieron pública su decisión, ejecutada el 21 de diciembre de 2016, de excluir a la Liga ITEKA de la lista de ONG autorizadas a trabajar en el país. Según el ministro del Interior, Pascal Barandagiye, ITEKA “ha empañado la imagen del país y pretende dividir a la sociedad burundesa”.
“Se trata de una clara represalia. Por el contrario, al prohibir la labor de la organización más antigua de defensa de derechos humanos de Burundi, la imagen del país se ve empañada, del mismo modo que cuando llama la atención de la comunidad internacional por los abusos que allí se están cometiendo”
“Al silenciar por completo a la ONG más prestigiosa en materia de derechos humanos, el Gobierno de Burundi intenta aumentar el aislamiento del pueblo burundés, que continúa sufriendo las peores violaciones”,
Esta decisión de prohibir la labor de ITEKA se produce tras la publicación, el 15 de noviembre de 2016, del informe conjunto realizado por la FIDH e ITEKA, Burundi, represión y dinámicas de genocidio, que denuncia las violaciones generalizadas de los derechos humanos que se han producido en el país desde el principio de la crisis en abril de 2015. La FIDH, junto con la Liga ITEKA, lanzó también una campaña llamada #StopThisMovie, para aumentar la sensibilización sobre la crisis y los riesgos de genocidio en Burundi. En diciembre de 2016, ITEKA publicó varios informes de investigación sobre el enjuiciamiento de los crímenes más graves perpetrados en Burundi —asesinatos, secuestros, desapariciones forzadas, tortura, violación y detenciones a gran escala—, en los que acusaba de estas violaciones a las más altas autoridades del Estado.
El 24 de octubre de 2016 la Liga ITEKA había sido suspendida provisionalmente por “alterar el orden público y la seguridad del Estado”. Otras cuatro organizaciones también se vieron afectadas por esta medida: SOS-Torture/Burundi, que trabaja en labores sobre el terreno junto con la OMCT, Coalition de la société civile pour le monitoring électorale [Coalición de la Sociedad Civil para la Observación Electoral -COSOME], la Coalition Burundaise por la CPI [Coalición de Burundi por la CPI] y la Union Burundaise des Journalistes [Unión de Periodistas de Burundi]. En el mismo periodo, se excluyó definitivamente de la lista de ONG autorizadas a las siguientes cinco organizaciones: el Forum pour le Renforcement de la Société Civile (FORSC) [Foro para el Refuerzo de la Sociedad Civil], Acción de los Cristianos para la Abolición de la Tortura (ACAT), Burundian Association for the Protection of Human Rights of Prisoners and Detainees (APRODH) [Asociación de Protección de los Derechos Humanos y los Detenidos de Burundi] y Réseau des citoyens probes [Red de Ciudadanos Afectados]
La decisión de prohibir la labor de ITEKA se tomó del 23 al 28 de diciembre de 2016, cuando la Asamblea Nacional aprobó dos proyectos de ley que establecían un control más estricto sobre las acciones de las ONG nacionales e internacionales. El primer proyecto de ley exige que las ONG nacionales obtengan un permiso del Ministerio del Interior para todas sus actividades y canaliza toda la financiación a través del Banco Central. El segundo proyecto de ley exige a las ONG extranjeras que cumplan con las prioridades definidas por el Gobierno de Burundi.