El 6 de octubre de 2016, el Parlamento Europeo (PE) aprobó una resolución de urgencia (EN) en la que condenaba las ejecuciones ilegales, los secuestros, y la violencia sexual y de género en las zonas de conflicto, especialmente en Darfur, Kordofán del Sur y el Nilo Azul, así como el uso de bombardeos aéreos y armas químicas por parte de las fuerzas sudanesas contra la población civil. La resolución condenaba las graves violaciones de los derechos humanos que están teniendo lugar fuera de las áreas de conflicto de Sudán y que incluyen detenciones arbitrarias de activistas así como la detención de defensoras y defensores de los derechos humanos y periodistas, a la vez que hacía un llamamiento para que se lleven a cabo investigaciones sin demora sobre todas las alegaciones de tortura, detención arbitraria y uso excesivo de la fuerza.
La resolución destacó igualmente su preocupación por el aumento de la cooperación de la Unión Europea con Sudán en materia de gestión de la migración. Insta especialmente al Servicio Europeo de Acción Exterior y a la Comisión a "supervisar estrechamente el desarrollo de la asistencia de la UE en Sudán para prevenir todo apoyo directo o indirecto a las milicias locales y para velar por que las fuerzas de RSF que patrullan las fronteras sudanesas con Libia y Egipto no pretendan luchar contra la migración ilegal en nombre de la UE". Por último, la resolución pedía a la UE que impusiese sanciones punitivas específicas contra personas responsables de los continuos crímenes de guerra y de la falta de colaboración con la Corte Penal Internacional.
La FIDH y su organización miembro sudanesa, el Centro Africano para Estudios de Justicia y Paz (ACJPS) defendió estas medidas en una ronda de reuniones de incidencia celebradas con interlocutores de la UE el pasado septiembre. Alertó de los riesgos de que la nueva cooperación entre la UE y Sudán sobre la gestión de la migración pudiese reforzar la legitimidad y las actividades de las Fuerzas de Intervención Rápida, una entidad paramilitar formada principalmente por milicias janjawid, responsables de violaciones de los derechos humanos y del derecho humanitario, que ya se han desplegado en la frontera norte de Sudán en respuesta al flujo de migrantes irregulares.