السكرتارية الدولية مقرها باريس، وهي تتكون من فريق من المهنيين تحت إدارة مدير عام ومدير تنفيذي، وهم جميعاً أعضاء استشاريين، لا يقوموا بالتصويت، بالمجالس الدولية والتنفيذية للفدرالية الدولية. يتم تشكيل الفريق بناء على الأولويات الإقليمية وبحسب تكوين الأنشطة والوفود. للسكرتارية الدولية وفود دائمة في الأمم المتحدة في نيويورك وجنيف، وفي مقر الاتحاد الأوروبي في بروكسل، وفي المحكمة الجنائية الدولية في لاهاي، ومكاتب إقليمية في تونس وبريتوريا، ومكاتب مشتركة مع منظمات عضوة في كوناكري وأبيدجان وباماكو. كما أن بها قسم معني بالاتصالات والعلاقات العامة، وقسم للدعم الإداري والمالي. ومع تواصل السكرتارية الدولية الدائم مع الفاعلين على المستوى الميداني، فهي تنفذ قرارات هيئات صناعة القرار في الفدرالية الدولية لحقوق الإنسان ومنظماتها العضوة، ووفود البعثات، وأعضاء المجلسين الدولي والتنفيذي.
