روز ۲۸ سپتامبر ۲۰۱۶ (۷ مهر ۱۳۹۵)، شعبه‌ی ۳۶ دادگاه تجدید نظر تهران حکم زندان علیه خانم نرگس محمدی را که در تاریخ ۱۸ مه ۲۰۱۶ (۲۹ اردیبهشت ۱۳۹۵) صادر شده بود تأیید کرد. دادگاه تجدید نظر در حکم خود تأکید کرد که پیرو ماده‌ی 134 قانون مجازات اسلامی 1392، «مجازات اشد» ـ یعنی 10 سال زندان ـ اجرا می‌شود.
روز ۲۸ سپتامبر، همسر خانم محمدی، آقای تقی رحمانی گفت که در جلسه‌ی دادگاه که در روز ۱۹ سپتامبر (۲۹ شهریور) برگزار شده بود، دادگاه درخواست وکلای برای تسلیم مدارک جدید پذیرفت، اما پیش از دریافت مدارک با شتاب حکم تازه را صادر کرد.
خانم نرگس محمدی، روز ۱۸ مه ۲۰۱۶ (۲۹ اردیبهشت ۱۳۹۵)، حکم تازه‌ی ۱۶ سال زندان را از شعبه‌ی ۱۵ دادگاه انقلاب اسلامی دریافت کرد [1]: پنج سال به‌خاطر «اجتماع و تبانی به قصد ارتکاب جرم علیه امنیت کشور»، یک سال به‌خاطر «تبلیغ علیه نظام» و ۱۰ سال به‌خاطر «تشکیل و اداره گروهک غیرقانونی لگام.» [2]
خانم محمدی هم در زندان و هم خارج از زندان، با آزار قضایی مداوم مربوط به فعالیت حقوق بشری خود روبرو بوده است، از جمله این‌که در چند سال اخیر، بارها احضار، بازجویی و محاکمه شده است
او در تاریخ ۲ اردیبهشت ۱۳۹۱ محکومیت خودسرانه‌ی شش سال زندان را آغاز کرد، اما در تاریخ ۱۰ مرداد ۱۳۹۱ به علل پزشکی ـ فلج عضلانی و بیماری ریوی ـ با وثیقه آزاد شد. او دوباره روز ۱۵ اردیبهشت ۱۳۹۴ خودسرانه دستگیر شد و مسؤولان ادعا کردند که او را برای گذراندن باقی مانده حکم شش سال زندان دستگیر کرده اند، با وجود این‌که هنوز دچار همان بیماری‌ها بود. [3]
خانم محمدی در پی دیدار با نماینده‌ی عالی وقتِ اتحادیه‌ی اروپا خانم کاترین اشتون طی سفر خانم اشتون به تهران در اسفند ۱۳۹۲، به‌شدت مورد آزار و تعقیب قرار گرفت و این دیدار منجر به اتهام «تبلیغ علیه نظام» علیه او در پرونده‌ی جاری شد.
خانم محمدی در مهر ۱۳۹۴ پس از حمله‌های عصبی به بیمارستان منتقل شد و علاوه بر مراقبت ۲۴ ساعته نگهبانان دست و پای او را به تخت بستند. بستن او به تخت و مراقبت در تاسیسات پزشکی مجازات غیرانسانی و تحقیرکننده‌ای برای فعالیت‌های حقوق بشری اوست. [4]
برنامه‌ی نظارت بر حمایت از مدافعان حقوق بشر یک بار دیگر با تأکید از دولت‌مردان ایران می‌خواهد سلامت جسمانی و روانی خانم محمدی را در هر شرایطی تضمین و او را فوری و بدون قید و شرط آزاد کنند، زیرا حبس او خودسرانه و فقط به قصد تنبیه او به‌خاطر فعالیت‌های حقوق بشری اوست.
علاوه بر این، برنامه‌ی نظارت با تأکید از گروه تحقیق سازمان ملل درباره‌ی حبس‌های خودسرانه، که شکایت رسمی در مورد خانم محمدی دریافت کرده، می‌خواهد فوری در این زمینه نظر خود را اعلام کند و درخواست خود را از اتحادیه‌ی اروپا و دولت فرانسه برای اقدام به‌خاطر خانم محمدی تکرار می‌کند.
برنامه‌ی نظارت بر حمایت از مدافعان حق وق بشر در سال ۱۹۹۷ به صورت برنامه‌ی مشترک فدراسیون بین‌المللی جامعه‌های حقوق بشر و سازمان جهانی مبارزه با شکنجه ایجاد شد. هدف این برنامه مداخله در موارد سرکوب مدافعان حقوق بشر، جلوگیری از این سرکوب و چاره جویی در باره آن است. سازمان جهانی مبارزه با شکنجه و فدراسیون بین‌المللی جامعه‌های حقوق بشر هر دو از اعضای ProtectDefenders.eu هستند که راه‌کار مدافعان حقوق بشر در اتحادیه‌ی اروپاست و جامعه‌ی مدنی بین‌المللی آن را برپا کرده است.