จอนเกิดที่ลอนดอน สหราชอาณาจักรเมื่อปี 2590 เป็นบุตรชายคนโตในบรรดาบุตรทั้งสามคนของป๋วย อึ๊งภากรณ์ นักเศรษฐศาสตร์และนักวิชาการชื่อดังของไทย
หลังจากสำเร็จการศึกษาปริญญาตรีด้านวิศวกรรมไฟฟ้าจากมหาวิทยาลัย Sussex เขาได้เข้าเป็นอาจารย์ที่มหาวิทยาลัยมหิดล ประเทศไทย
ในช่วงกลางทศวรรษ 1970 (2513 – 2522) เป็นช่วงที่ประเทศไทยมีความไม่สงบทางการเมือง จอนได้ย้ายกลับไปที่สหราชอาณาจักรกับบิดาของเขา โดยเขาได้ให้ความช่วยเหลือแก่นักกิจกรรมที่หลบหนีการประหัตประหารจากประเทศไทย
หลังจากนั้นจอนได้ย้ายกลับประเทศไทย โดยในปี 2523 ได้จัดตั้งโครงการอาสาสมัครเพื่อสังคม ซึ่งเป็นมูลนิธิที่มุ่งสร้างพื้นที่ให้กับคนรุ่นใหม่เพื่อขับเคลื่อนการเปลี่ยนแปลงทางสังคมผ่านงานอาสา
ในปี 2534 จอนได้ก่อตั้งมูลนิธิเข้าถึงเอดส์ (ACCESS) ซึ่งเป็นองค์กรที่ขับเคลื่อนด้านการต่อสู้กับการตีตราผู้ติดเชื้อ HIV เขาได้เป็นแกนนำกลุ่มจนกระทั่งปี 2543 ที่เขาได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกวุฒิสภากรุงเทพมหานคร โดยเขาดำรงตำแหน่งดังกล่าวจนกระทั่งปี 2549 เขาได้รับตำแหน่งสมาชิกคณะกรรมาธิการด้านการมีส่วนร่วมของประชาชนของวุฒิสภา และเป็นประธานคณะอนุกรรมาธิการหลักประกันทางสังคมของวุฒิสภา ในปี 2547 เขาได้ร่วมก่อตั้ง ประชาไท สำนักข่าวอิสระออนไลน์
จอนเป็นผู้ที่อุทิศตนอย่างไม่ย่อท้อต่อการขับเคลื่อนงานด้านสิทธิมนุษยชน ประชาธิปไตย และความเป็นธรรมทางสังคม จอนให้ความสนใจเป็นพิเศษกับบุคคลเปราะบางและกลุ่มชายขอบ ซึ่งทำให้เขาได้รับรางวัล รามอน แมกไซไซในปี 2548
ในปี 2552 เขาได้ก่อตั้ง iLaw ซึ่งเขาได้ดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการจนกระทั่งปี 2565 ภายใต้การนำของจอน iLaw ได้เติบโตเป็นที่รู้จักในงานด้านการขับเคลื่อนประชาธิปไตย เสรีภาพในการแสดงออก และสิทธิพลเมืองและสิทธิทางการเมืองผ่านการสร้างการมีส่วนร่วมกับภาคประชาสังคมและประชาชนทั่วไป ซึ่งร่วมถึงความพยายามในการแก้ไขมาตรา 112 ของประมวลกฎหมายอาญาของไทย (หมิ่นประมาทกษัตริย์) และการยกเลิกกฎหมายและประกาศที่มีลักษณะกดขี่ที่ออกมาช่วงหลังจากที่มีการรัฐประหารในประเทศไทย เมื่อปี 2549 และ 2557
ในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา จอนยังคงเข้าร่วมกิจกรรมทางสังคมเพื่อขับเคลื่อนการปฏิรูปกฎหมายในประเทศไทยอย่างแข็งขันแม้ตนจะมีสุขภาพที่แย่ลง ซึ่งกิจกรรมดังกล่าวรวมถึงการรณรงค์ร่างรัฐธรรมนูญฉบับประชาชน ซึ่งนำไปสู่ความสำเร็จในการยื่นร่างแก้ไขรัฐธรรมนูญต่อสภาผู้แทนราษฎร โดยมีผู้ร่วมลงชื่อสนับสนุนร่างดังกล่าวกว่า 100,000 รายชื่อ เมื่อเดือนกันยายน 2563
การสนับสนุนด้านสิทธิมนุษยชนและประชาธิปไตยของจอนนั้นข้ามพรมแดนประเทศไทย โดยเฉพาะอย่างยิ่งบทบาทของเขาในประเด็นข้ามพรมแดน เช่น การบังคับบุคคลสูญหาย ผลกระทบของเขื่อน สิทธิของผู้ลี้ภัย และการต่อสู้กับเผด็จการทหารพม่า
หลังจากที่ iLaw เข้าเป็นองค์กรสมาชิกของ FIDH เมื่อปี 2559 จอนมักเป็นบุคคลแรกๆ ที่กระตืนรือร้นในการตอบสนองต่อคำขอให้แสดงความเป็นอันหนึ่งอันเดียวจากบุคคลหรือกลุ่มในภูมิภาคเอเชีย
FIDH จะจดจำจอนสำหรับความเฉลียวฉลาด ความเห็นอกเห็นใจต่อเพื่อนมนุษย์ และความยึดมั่นต่อประชาธิปไตยและสิทธิมนุษยชน บุคลิกเฉพาะและความอุทิศตนของเขาจะได้รับการระลึกถึงเป็นอย่างยิ่งจาก FIDH และองค์กรสมาชิกในเอเชียและอื่นๆ